La chiesa è un edificio ad aula unica.  
All’esterno la parte superiore delle pareti è intonacata; sulla facciata, del tipo a capanna, si apre la porta d’ accesso che reca al proprio interno una decorazione musiva: si tratta dell’immagine del Cristo morto, che esibisce la ferita sul costato e i palmi delle mani sanguinanti; alle sue spalle la croce del martirio e due corone di spine. Lungo le pareti laterali si aprono 4 finestre, una delle quali murata; sul lato destro dell’ edificio si trova una porta di accesso. Sul tetto svetta una cella campanaria. All’interno una semplice ornamentazione pittorica corre sulle pareti della chiesa simulando un basamento marmoreo decorato con inserti di forma geometrica.Sulla controfacciata in corrispondenza del loculo, c’è una vetrata con lo stemma Della Gherardesca. Il soffitto è a capriate lignee, impreziosite da una decorazione pittorica. L’ epoca di fondazione della chiesa è ricordata dalla data incisa esternamente, sopra la parete laterale destra (1587); quanto all’ aspetto odierno, è in massima parte  frutto del conte Walfredo Della Gherardesca (1922). Risulta invece recente la tinteggiatura esterna.  

Il nome della chiesa si collega al grande Crocifisso del monastero di San Colombano, attribuito alla scuola pisana del 400. È presumibile che la consegna  alla compagnia castagnetana sia avvenuta in epoca successiva alla concessione a livello dei beni di San Colombano ai Della Gherardesca, da parte degli Agostini, avvenuta il 22 febbraio 1519. Non volendo usufruire (o non potendo) della chiesa parrocchiale che era comitale, fu necessario costruire un' apposita chiesa nel 1387, nella piazzetta antistante la chiesa parrocchiale. Il bel Crocifisso è conservato in una teca chiusa che viene scoperta solo due volte all’anno, il 3 maggio e il 14 settembre. Ogni 3 anni viene traslato nella Chiesa Parrocchiale e portato in processione in occasione delle Feste Triennali. Una leggenda racconta che un tempo assai lontano ai piedi della collina sulla quale ancor oggi si erge la torre di Donoratico, sorgeva il monastero di S. Colombano ed in esso si trovava uno stupendo crocifisso ligneo appartenente alla scuola pisana del 1300/1400 che finì miracolosamente illeso tra le macerie quando la torre e la chiesa vennero distrutte. Narra la leggenda che un lontano giorno di Ottobre un povero bifolco stava lavorando con i suoi buoi nei pressi delle rovine della chiesa. Improvvisamente le bestie si fermarono  e si rifiutarono di procedere nel lavoro. La notizia si sparse e sul posto giunsero il capoccia ed altri villani che, spinti dalla curiosità, si misero a rovistare tra le macerie coperte da rovi, finché apparve il braccio di un Crocifisso in buono stato. Subito la sacra immagine fu trasportata nell’oratorio della compagnia  del SS. Sacramento, proprio sotto le mura del Castello dei Della Gherardesca, dove ancora oggi può essere ammirato.